OKINAWA
北部圏域(NORTHEN ZONE)
伊平屋島（前泊、沖縄県）
伊平屋村 ℡0980‐46‐2177
伊是名島（仲田、沖縄県）
伊是名村 ℡0980‐45‐2002
伊是名島―野甫島（不定期）
前田原明 ℡0980‐46‐2426
伊江島（伊江、沖縄県）
伊江村 ℡0980‐49‐2255
水納島（水納、沖縄県）
（名）水納海運 ℡0980‐47‐5179
*古宇利大橋の開通に伴い、古宇利海運（名）の古宇利島―沖縄本島（名護市屋我地島）航路は、2005年2月8日
に廃止された。
中南部圏域(MIDDLE & SOUTHERN ZONE)
津堅島（中城湾、沖縄県）
神谷観光 ℡098‐978‐3027
*勝連海運（名）は、2007年1月1日付けで廃業した。
久高島（徳仁、沖縄県）
久高海運（名） ℡098‐948‐2873
粟国島（粟国、沖縄県）
粟国村 ℡098‐988‐2495
渡名喜島（渡名喜、沖縄県）
久米商船（株） ℡098‐868‐2686
座間味島（座間味、沖縄県）
座間味村 ℡098‐868‐4567
阿嘉島（阿嘉、沖縄県）
座間味村 ℡098‐868‐4567
渡嘉敷島（渡嘉敷、沖縄県）
渡嘉敷村 ℡098‐987‐2537
久米島（兼城・仲里、沖縄県）
久米商船（株） ℡098‐868‐2686
北大東島（北大東、沖縄県）
大東海運（株） ℡098‐861‐0515
南大東島（南大東、沖縄県）
大東海運（株） ℡098‐861‐0515
宮古圏域(MIYAKO ZONE)
宮古島（平良・島尻、沖縄県）
宮古フェリー（株） ℡09807‐2‐3263
（資）はやて海運 ℡09807‐8‐3337
（資）多良間海運 ℡09807‐2‐9209
*有村産業は、2008年5月23日、会社更生計画変更は不許可となり、6月20日より破産手続きが開始。
大神島（島尻、沖縄県）
（名）大神海運 ℡09807‐2‐5477
伊良部島（長山・佐良浜、沖縄県）
宮古フェリー（株） ℡09807‐2‐3263
（資）はやて海運 ℡09807‐8‐3337
多良間島（普天間、沖縄県）
（資）多良間海運 ℡09807‐2‐9209
水納島（不定期）
宮国船長 ℡09807‐9‐2773
八重山圏域(YAEYAMA ZONE)
石垣島（石垣、沖縄県）
（有）安栄観光 ℡09808‐2‐2691
石垣島ドリーム観光（株） ℡0980‐84‐3178
*2007年5月5日運航開始。
（資）福山海運 ℡09808‐7‐2555
（資）波照間海運 ℡0980‐82‐7233
八重山観光フェリー（株） ℡09808‐2‐2880
*有村産業は、2008年5月23日、会社更生計画変更は不許可となり、6月20日より破産手続きが開始。
竹富島（竹富東、沖縄県）
石垣島ドリーム観光（株） ℡0980‐84‐3178
*2007年5月5日運航開始。
八重山観光フェリー（株） ℡09808‐2‐2880
西表島（仲間・船浮・船浦、沖縄県）
（有）安栄観光 ℡09808‐2‐2691
石垣島ドリーム観光（株） ℡0980‐84‐3178
*2007年5月5日運航開始。
（有）船浮海運 ℡09808‐5‐6552
八重山観光フェリー（株） ℡09808‐2‐2880
鳩間島（鳩間、沖縄県）
石垣島ドリーム観光（株） ℡0980‐84‐3178
*2007年5月5日運航開始。
八重山観光フェリー（株） ℡09808‐2‐2880
小浜島（小浜、沖縄県）
石垣島ドリーム観光（株） ℡0980‐84‐3178
*2007年5月5日運航開始。
八重山観光フェリー（株） ℡09808‐2‐2880
黒島（黒島、沖縄県）
石垣島ドリーム観光（株） ℡0980‐84‐3178
*2007年5月5日運航開始。
八重山観光フェリー（株） ℡09808‐2‐2880
波照間島（波照間、沖縄県）
（有）安栄観光 ℡09808‐2‐2691
（資）波照間海運 ℡0980‐82‐7233
*安栄観光が定期運航を始めたことから離島航路補助事業の対象外となったため、（資）波照間海運は2011年12月11日をもって運休。
しかし、2011年12月24日より運航を一部再開。
与那国島（久部良、沖縄県）
（資）福山海運 ℡09808‐7‐2555
11/12/28